Primeiras Sedes
O Ministério Público do Estado da Bahia, desde que iniciou suas atividades sempre funcionou atrelado a estrutura do Judiciário. No período colonial o Procurador dos Feitos da Coroa, Fazenda e Fisco exercia suas atividades no Tribunal da Relação da Bahia. Posteriormente, já como instituição, o Ministério Público ocupou algumas salas do 4º andar do Fórum Ruy Barbosa.
Palacete Ferraro
Com a ampliação da Instituição, em 1986, o Ministério Público adquire a primeira sede própria. Situado no topo da Ladeira da Fonte Nova, na esquina com a Avenida Joana Angélica, o imóvel é um sobrado urbano do século XIX, que serviu como residência central dos padres Lazaristas e onde funcionou, de 1927 a 1984, o Colégio Nossa Senhora Auxiliadora, fundado e dirigido pela educadora Anfrísia Santiago. Denominado Palacete Ferraro, foi tombado em 1938, pelo então Serviço do Patrimônio e Artístico Nacional (Sphan), hoje Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan). A sede do MP ocupou o imóvel até 1993, já que ano seguinte ela seria transferia para Nazaré. A partir de 1994, o histórico prédio abrigou o Colégio Estadual Anfrísia Santiago, que ali funcionou até 2007, quando o imóvel foi reformado e devolvido ao MP. Em 2009, o prédio foi reinaugurado e atualmente funciona o Núcleo da Paternidade Responsável (Nupar) do Ministério Público.
Nazaré
Como resultado de um processo de expansão das atividades do MP baiano, um reflexo do fortalecimento ministerial a partir da Constituição Federal de 1988, em 1994, foi inaugurada a Sede do Ministério Público, localizada no bairro de Nazaré, na Avenida Joana Angélica. Um prédio histórico , em lugar que teria sido o antigo Sítio da Cova da Onça, construído para servir de residências para antigas famílias de fazendeiros. Na década de 40 do século XX, o prédio abrigou a Faculdade de Filosofia e o Instituto de Letras da Universidade Federal da Bahia (Ufba). Antes, funcionou no local, durante quase 50 anos, a Escola Normal da Bahia. As novas funcionalidades foram acompanhadas de reformas e restaurações que preservaram as características arquitetônicas do antigo sobrado. Foi o que aconteceu no início da última década de 90, com a chegada do MP ao prédio. A terceira reforma envolveu desde a recuperação de paredes, do teto e do assoalho, substituição de equipamentos e das redes hidráulica e elétrica, até a pintura artística, incluindo o revestimento e restauração do salão nobre , que contou com o trabalho qualificado da restauradora e artista plástica Rosândila Rios. Em estilo art noveau, especula-se que a pintura do salão nobre tenha sido produzida pelo artista Narciso Dias da Silva, natural da cidade do Porto (Pot1ugal). Para se ter uma ideia, somente a restauração da pintura do salão nobre consumiu dois meses de trabalho.
Incêndio
No dia 14 de fevereiro de 1998, o prédio foi quase totalmente destruído por um incêndio, motivando um grande projeto de restauração e reconstrução do casarão antigo, como também de ampliação da antiga sede administrativa. Após quatro anos funcionando de forma dispersa, por diversas unidades espalhadas pela cidade, com sede instalada no bairro de Ondina, o MP voltou a funcionar no edifício de Nazaré em 21 de março de 2002, com instalações ampliadas e conservando a fachada histórica do sobrado. A obra demandou quase R$ 8 milhões.
A restauração, reforma e reconstrução do imóvel tiveram início em 15 maio de 2001 e duraram 11 meses. Os módulos do prédio principal foram totalmente demolidos e reconstruídos, sendo acrescidos mais dois pavimentos, conservando-se apenas a fachada original. O segundo prédio, um edifício moderno de cinco andares e mais dois subsolos, passou por reparação geral para abrigar os diversos setores da administração do MP. Para ampliar a sede foram aproveitadas áreas livres do terreno original. O antigo casarão, que antes ocupava uma área de 20 metros de largura por 41 metros de comprimento, passou a ocupar uma área de 71 metros de comprimento e 30 metros de largura.
Em 2009, o Ministério Público inicia a construção da nova sede no Centro Administrativo da Bahia.
CAB
Inaugurado, em 3 de dezembro de 2010, o prédio passou a funcionar totalmente em julho de 2011, quando foi ambientado, completamente, para o exercício das atividades cotidianas da Instituição. Nele, estão instaladas a Procuradoria-Geral de Justiça, Corregedoria-Geral, Ouvidoria, o Colégio de Procuradores, Conselho Superior, gabinete dos procuradores de Justiça, Centros de Apoio Operacional, a Superintendência Administrativa e suas diversas diretorias.
A nova sede administrativa foi construída em um terreno de 15,6 mil metros quadrados doado pelo Governo do Estado, por meio da Lei 10.218, de 28 de junho de 2006. O edifício foi projetado pelo arquiteto João Marinho, da Superintendência de Construções Administrativas da Bahia (Sucab), e construído pela empresa Axxo Construtora.
Com a transferência da sede administrativa em 2011, o edifício de Nazaré passou a ser destinado ao atendimento à população, realizado pelas Promotorias de Justiça da capital nas diversas áreas de atuação do MP.